研究方向

计算分析非编码RNA的功能

有关非编码RNA的研究是功能基因组时代研究的重要前沿问题之一。运用生物信息学方法,围绕着非编码RNA的计算识别与特征分析展开研究

疾病相关转录组分析

在整体水平上研究细胞中基因转录的情况及转录调控规律,从RNA水平来研究基因的表达情况。转录组即一个活细胞所能转录出来的所有RNA的总和,是研究细胞表型和功能的一个重要手段。

研究所概况

本研究所成立于2015年,以我院的河北省大数据计算重点实验室为依托,特聘北京大学医学部崔庆华教授担任名誉所长和学术指导,所有成员均为我院具有丰富智能信息处理经验的中青年教师,并长期从事医学生物信息学领域研究。

1 具有博士学位
1 硕士研究生
1 教师
1 年创办

学术研究成果

研究所自成立以来,已与北京大学医学部基础医学院崔庆华教授实验室、周源研究员实验室建立了长期的合作机制

自然科学基金

现本所承担国家自然科学基金1项,河北省自然科学基金3项,完成河北省自然科学基金5项及多个横向联合课题。

主要论文成果

发表SCI论文8篇,中文核心期刊论文10篇。

1、 Li Jianwei, Huang Yan, Yang Xiaoyue, Zhou Yiran , Zhou Yuan. RNAm5Cfinder: A Web-server for Predicting RNA 5-methylcytosine (m5C) Sites Based on Random Forest, Scientific Reports, (accepted).

2、Li, Jianwie, Xiaofen Han, Yanping Wan, Shan Zhang, Yingshu Zhao, Rui Fan, Qinghua Cui, Yuan Zhou, TAM 2.0: Tool for MicroRNA Set Analysis,Nucleic Acids Res, 2018, 46(W1), W180-W185. doi:10.1093/nar/gky509.

3、Huang Z, Shi J, Gao Y, Cui C, Zhang S, Li Jianwei(*), Zhou y(*), Cui Q(*). HMDD v3.0: a database for experimentally supported human microRNA-disease associations. Nucleic Acids Res. 2018, doi:10.1093/nar/gky1010

4、Ma, Wei,Huang, Chuanbo,Zhou, Yuan(*),Li, Jianwei(*),Cui, Qinghua(*), MicroPattern: a web-based tool for microbe set enrichment analysis and disease similarity calculation based on a list of microbes, Scientific Reports, 2017.1.10, 7:1~6

5、Li, Jianwei, Wei Ma, Pan Zeng, Junyi Wang, Bin Geng, Jichun Yang, Qinghua Cui, LncTar: a tool for predicting the RNA targets of long noncoding RNAs, Briefings in Bioinformatics, 2015, 16(5):806-812

6、Li, Jianwei, GAO Cheng, WANG YuChen,MA Wei,TU Jian,WANG JunPei,CHEN ZhenZhen,KONG Wei,CUI QingHua,A bioinformatics method for predicting long noncoding RNAs associated with vascular disease, Science China Life Sciences, 2014, 57(8):852-857

长非编码靶基因预测系统LncTar

LncTar 是一种适用于长非编码RNA(lncRNA)靶基因预测的工具软件,可以快速准确的对lncRNA调控的基因进行预测。 LncTar具有以下优点:(1)对RNA长度无限制,可处理目前已知最大长度的RNA分子;(2)运行速度快;(3)提出了判断两个RNA分子能否相互作用的定量标准,实现了自动化预测;(4)预测精度高,在对目前有实验证据支持的长链非编码RNA和mRNA相互作用中,预测准确率达到了80%。

软件访问网址:http://www.cuilab.cn/lnctar

miRNAs功能解释及功能预测系统TAM 2.0系统

TAM 2.0是miRNA集合富集分析软件TAM的改进升级版,用户通过TAM 2.0不仅能够对科研工作中感兴趣的MicroRNA集合进行功能和疾病调控富集分析,还能获取感兴趣的疾病下调MicroRNA集合与其他疾病下调MicroRNA集合之间的关联性,为研究MicroRNA调控功能的科研工作者们提供了强大的科研利器,具有重要的实际应用价值。

软件访问网址:http://www.scse.hebut.edu.cn/tam

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